Fue creada por la RS N° 713 del 11 de mayo de 1966. Su primer director fue el profesor Jesús Sarmiento Tenorio. Sucediéndole en el cargo prestigioso docentes como Ronaldo León Acha, Luis Cordero Medina, Manuel Bernaola Ramos, Juan de Dios Vázquez García, Juan Parra Sabastizagal, José Bernaola Ramos, Edelmir Apumayta Rojas y Marcos Padilla Montes. Actualmente la I.E. cuenta con 50 secciones que alberga una población escolar de 1600 estudiantes distribuidos en turno, mañana, tarde y noche.
Los años 1996 y 1997. La selección de fútbol del colegio se coronó CAMPEÓN PROVINCIAL, DEPARTAMENTAL Y ZONAL, participando en las finales nacionales, habiendo obtenido el cuarto y tercer lugar a nivel nacional.
Nuestro Lema: "Juventud, Progreso, Futuro del Perú".
Ser una Institución Líder de la Educación en la Provincia de Ica con docentes, padres de familia y autoridades comprometidos con la educación, para formar estudiantes competentes que promuevan el cambio en su provincia, con valores y principios, Logrando que las y los estudiantes de la I.E. "Gral. Juan Pablo Fernandini", desarrollen las competencias establecidas en el CNEB, dentro del marco de los enfoques transversales, con la finalidad de formar estudiantes críticos-reflexivos, innovadores, competitivos, inclusivos, de sana convivencia y libres de violencia.
Al 2025 ser una institución educativa de calidad, que brinda servicios educativos pertinentes a los nuevos retos y demandas de la sociedad actual formando estudiantes que estén preparados para la competitividad, desarrollando su espíritu innovador, creativo, crítico con valores, cultura ambiental y de inclusividad con maestros encaminados a la excelencia educativa.